Zweck der Innovationsstiftung ist es, den Wirtschaftsstandort Hamburg zu stärken und neue Arbeitsplätze zu schaffen. Ihr Anspruch ist es, ein fachkompetenter und verlässlicher Partner für alle innovativen mittelständischen Unternehmen in Hamburg zu sein. Die Innovationsstiftung fördert Forschungs- und Entwicklungsprojekte (F&E) von kleinen und mittelständischen Unternehmen sowie Existenzgründern in Hamburg. Die typische Förderhöhe beträgt 300.000 Euro, die Förderquote im Schnitt 40 Prozent. Über die Förderung entscheidet ein Vergabeausschuss, der aus vier externen Fachleuten und dem Vorstand der Stiftung gebildet wird.

Die Stiftung ist auch Projektträger für das Programm für Innovation der Behörde für Wirtschaft, Verkehr und Innovation, das Programm für Energie und Innovation der Behörde für Stadtentwicklung und Umwelt sowie das Life Science-Förderprogramm der Wissenschaftsbehörde.